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Nein, das geht nicht. Diese funktionale Einschränkung musst Du in Kauf nehmen. Über die Sinnhaftigkeit ließe sich auch streiten, spätestens, wenn die Suche über einen Indexer laufen soll.

Die Fledermaus bietet dem Hörensagen nach eine solche Funktion. Genaues weiß ich nicht, aber ich vermute, das bezieht sich nicht auf eine End-to-End-Verschlüsselung sondern nur auf ein verschlüsseltes Speicherformat, so wie Du auch unter Bitlocker oder in Truecrypt-Containern suchen kannst.

Wenn es bei der Verschlüsselung lediglich um die Übertragung geht, die Mails also hinterher auf der lokalen Platte unverschlüsselt liegen dürfen, dann kann man diese natürlich unverschlüsselt speichern. Das ist mit TB/Enigmail nicht wirklich praktikabel. Für Outlook gibt es angeblich Scripte, welche E-Mails entschlüsselt speichern und wieder importieren.