Ein Versuch bei geschlossenem Thunderbird:
im Profilordner die xulstore.json umbenennen in alt-xulstore.json.
Diese Datei wird von TB neu angelegt. Evtl. müssen einige Layout Einstellungen wieder
getrimmt werden.
Ich hatte den Ordner nicht gefunden, deshalb hatte ich den Fehlerbehebungsmodus gestartet. Wahrscheinlich mit dem gleichen Ergebnis. Ich musste auch Kleinigkeiten wiederherstellen, aber "Markieren" ist jetzt wieder da. 
Ganz lieben Dank für eure Hilfe. 