Problem gefunden uns gelöst! Ich hab aus dem Isolierten Ordner nun den Tag über häppchenweise in einen nicht Isolierten geschoben. Bei einem Schwung trat dann wieder das Problem auf.
Es war eine Email die 130 MB Groß war. In der war eine PDF Datei die über 100 MB groß war. Diese Email alleine hat das Verhalten von Thunderbird erzeugt. Am Montag werde ich es bei allen Rechnern entsprechendes Fehler korrigieren und den Ordner reparieren. Ich denke danach sollte alles in Ordnung sein.
Hättet ihr das gedacht? 
Kann sich einer erklären, wie die Email das verursacht hat? Spekulativ würde ich sagen, dadurch das die Email so groß war (was für Mails ja eigentlich nicht vorgesehen ist) wurde sie nie geschafft richtig runter zu laden und es wurde von neu gestartet. Irgendwie so was? Wäre cool falls jemand da ne fachlichere Erklärung zu hätte, würde mich echt interessieren.
