Ich kann nicht sicher für die Portable Apps sprechen, aber beim normalen Thunderbird sollte das so gehen:
Windows Einstellungen → Apps → Standard-Apps → E-Mail → Thunderbird
Ganz unten auf der Seite sollte es dann noch den Punkt "Standard-Apps nach Protokoll auswählen" geben:
Dort muss man das Protokoll Mailto auf Thunderbird einstellen: