Für Legacy-Add-ons (inklusive Bootstrap) hat man ab dem heutigen Nightly-Build einen Menüpunkt integriert, um die Add-on-Optionen aufzurufen:
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=1419145
Das sieht dann so aus:
Somit braucht man momentan noch gar keine Webextension-Anpassungen für die Add-ons in Thunderbird, wenn es so bleiben würde.