Hallo!
Cookies sind in Thunderbird im Grunde nicht notwendig. Da Thunderbird Webinhalte anzeigen kann, werden dabei Cookies gleich mit serviert..., was für reinen E-Mail-Betrieb aber nicht notwendig ist.
JavaScript behandelt Thunderbird getrennt für die Programm-Features (nicht nur Add-ons) und für dargestellte Inhalte aus z.B. E-Mails. Man kann also JavaScript deaktivieren, ohne das Programm selbst zu behindern. Dies geschieht auch, wenn Nachrichten nicht mit "Original HMTL" angezeigt werden. Für die Lesebestätigungen (MDN) ist das quasi externe JavaScript AFAIK nicht notwendig. Meines Erachtens braucht niemand Angst vor JavaScript zu haben. Ist Dir der Unterschied zwischen Java und JavaScript klar? Wenn ja, sollte klar sein, dass JAVA im Betriebssystem nur bei wirklichem Bedarf in einer aktuellen Version installiert sein sollte.