Hallo!
Neben den Konten-Einstellungen gibt es ja noch die "Eigenschaften" eines jeden Ordners. Dort könnte es eventuell auch entsprechende Einstellungen geben, die die E-Mails verschwinden lassen.
Ich bin aber relativ sicher, dass Thunderbird die E-Mails nicht in den Papierkorb verschieben würde, sondern gleich endgültig löschen würde. Ich lasse mich aber gerne belehren, wenn es jemand definitiv besser weiß.
Gruß
Thunder