Hi!
Das ist merkwürdig - so etwas darf nicht sein.
Eine ganz große Schwachstelle von Thunderbird ist bekannetermaßen sein Umgang mit den eigenen Indexdateien. Daher würde ich im Fall verschwundener Mails als erstes diese wiederherstellen lassen ("Rechtsklick auf den betroffenen Ordner >> Eigenschaften >> Index wiederherstellen").
Gruß, Sünndogskind_2