Hallo Tina,
versuche es mal im Thunderbird-SafeMode (Abgesicherter Modus)
Wenn ich so wie von dir beschrieben vorgehe, öffnet mit TB nur ein Verfassen-Fenster und das Hauptfenster bleibt weg, nach dem Senden ist dann auch kein TB aktiv.
Allerdings arbeite ich auch mit der aktuellsten Version 3.1.5