Hallo C.
und willkommen im Thunderbird-Forum!
Hast du ein Backup deines Thunderbird-Profilordners?
Wenn du tatsächlich in der endungslosen Datei mit einem Editor nur die 4 Mails findest, hilft da nichts mehr.
Ansonsten sehe ich schwarz für deine Mails. Vermutlich hast du spätestens beim Komprimieren Mails entfernen lassen, die fehlerhaft gekennzeichnet waren, davor hätte vielleicht das "Index wiederherstellen" geholfen.
Geringe Chance: hast du die Mails evtl. zuvor verschoben oder gibt es Ordner mit name-x (z.B. pop.name-01) und darin endungslose Dateien? Dann könnten sie, zwar in TB nicht sichtbar, noch in einem anderen Ordner sein. Schau dir die endungslosen Dateien im Profil halt mal an.
Ich empfehle für die Zukunft einfach regelmäßige ein Kopie des Profiles als Backup zu machen, dann ist so ein Vorfall nicht schlimm.