Hallo tomcat84
und willkommen im Thunderbird-Forum!
Also, zum einen kannst du ein POP Konto als globales Konto anlegen, dann landen die Mails im lokalen Posteingang.
Wenn du willst, dass die Mails in irgendeinem Unterordner landen, dann gehe auf Extras>Filter>Neu und erstelle für das Konto einen Filter, keine Bedingung (es soll ja alle Mails betreffen) und Aktion "Verschiebe Nachricht in.." (oder kopiere) und gebe den Ordner an