Hallo und willkommen im Thunderbird-Forum, bjornfjorden!
Prüfe doch einmal Mittels Webmail vor dem Abruf, ob und wenn ja welche Mails davon betroffen sind.
Wenn du Mails manuell als Junk markierst, werden sie ja in den Junk Ordner verschoben. Es gibt in der config folgende Einstellung:
(siehe Konfig-Tipps - spezielle manuelle Anpassungen) mail.pop3.deleteFromServerOnMove>
Zitattrue: Nachrichten werden mit dieser Einstellung zusätzlich auch beim Verschieben in einen anderen Ordner auf dem Server gelöscht (wie in Vers. 1.5).
false: (StandardNachrichten in einem POP-Konto werden nur beim Löschen der Nachricht auch auf dem Server gelöscht, falls dieses in den Servereinstellungen so gewählt wurde.
Imho heißt dies, dass die verschobenen Mails aber auf dem Server bleiben und dann scheinbar erst beim nächsten Abruf eliminiert werden, was zu dem kurzfristigen "Auftauchen" führen könnte.
Aber das ist jetzt nur eine Vermutung, es müsste mal getestet werden.