Hallo und willkommen im Thunderbird-Forum, Marc!
Das ist merkwürdig bzw. lässt darauf schließen, dass du Mails Offline verfügbar machst, denn in 12 meiner 14 IMAP Konten gibt es keine inbox ohne Endung, in den anderen Beiden ist die Inbox offline verfügbar und deshalb auch eine Datei inbox.
Grundsätzlich müsste spätestens beim Komprimieren die Box wieder schrumpfen, wenn die Mail bisher nur als gelöscht markiert und somit physikalisch noch vorhanden war, beim Komprimieren dann ja entfernt wird.