Hallo Tim
und willkommen im Thunderbird-Forum!
Richtig, bei der Option lädt TB nur die Kopfzeilen und erst mit einem Klick auf die Mail und die dann folgende Meldung wird die gesamte Nachricht geladen.
Das Junkfilter arbeitet auf Basis der Kopfzeilen, d.h., die Mails werden bereits jetzt als Junk markiert und gemäß Deinen Einstellungen verschoben, gelöscht oder was auch immer.