Hallo Mysto
und willkommen im Thunderbird-Forum!
Das Zauberwort dazu heißt: komprimieren. Rechtsklick auf den Mailordner/Papierkorb... >Diesen Ordner komprimieren. Kann man in den Einstellungen unter Erweitert auch automatisieren.
Beim Löschen oder Verschieben wird die Mail nur als gelöscht markiert, aber nicht entfernt, das macht dann das Komprimieren.
Les doch mal die Dokumentation, so zum Bsp. zum Thema
https://www.thunderbird-mail.de/wiki/Ordner_komprimieren