Das ist das, was Thunderbird (teilweise) schon macht: die Einstellungen werden scheinbar randomisiert geändert, vermutlich in dem Moment, in welchem ich eine entsprechende E-Mail versende, speichere, archieviere oder verschicke.
Je nach Konto (das Phänomen tritt auch bei Google-Mail-Accounts auf) wird die Speicherung auf "Anderer Ordner:" geändert, wobei dabei in den überwiegenden Fällen der gleiche Accountordner (nur meist mit anderem Icon und englischer Bezeichnung in der Ordnerstruktur) eingestellt wird.
In wenigen (ein bis zwei) Fällen wird in dem Zuge aber auch auf den Lokalen Ordner verwiesen, was ich gern wieder anders haben möchte.
Kannst du daraus ableiten, wo der Fehler stecken könnte?
Schöne Grüße
Joni