Hallo,
vorab: bitte denk daran, dass wir hier im Forum Groß- und Kleinschreibung wünschen.
->das ist soweit logisch
Nein, 2 Profile zu verwenden, ist normalerweise nicht logisch. Es sei denn, man braucht diese etwa um Beruf und privat zu trennen, zu Archivzwecken oder wie bei mir zu Testzwecken.
Ich rate dir dringend davon ab, Änderungen oder "Korrekturen" im Profil selbst - also auf Dateiebene - zu machen.
IMAP ist nicht gleich POP. Heißt, für jedes IMAP-Konto braucht man einen eigenen Ordner mit den vom Server vorgegebenen "Basisordnern", die man auch nicht löschen kann.
Möchte man aber seine Mails auch auf der Festplatte haben und nicht nur auf dem (IMAP)-Server, sollte man am Besten mit Filtern abgerufene Mails automatisch in lokale Ordner kopieren. Ich selbst empfehle dabei, dass sog. "Bereithalten von Nachrichten" zu deaktivieren. Sonst hat man am Ende viel Müll auf der Festplatte. Das Bereithalten bedeutet aber nicht, dass der Server darauf keinen Zugriff hat. Ein versehentliches Löschen z.B. auf einem Tablet oder Smartphone löscht auch "bereitgehaltene" Mails in Thunderbird.
Mache den von dir gewünschten Struktur-Aufbau immer in Thunderbird selbst.
Sicher wirst du noch weitere Antworten bekommen, die dich mit Tipps versorgen.
Gruß