Hallo und willkommen im Forum.
Zunächst bitte die Dokumentation lesen:
Z.B.:
https://www.thunderbird-mail.de/wiki/Datenverl…mauuk3eojuckkm2
https://www.thunderbird-mail.de/wiki/Ordner_ko…mauuk3eojuckkm2
https://www.thunderbird-mail.de/wiki/Das_Mbox-…mauuk3eojuckkm2
Und: Mails haben in einem Posteingang zum Archivieren aber auch gar nichts zu suchen.
Neue Ordner anlegen und dorthin verschieben.
Wenn das Komprimieren alleine nicht mehr hilft, Rechtsklick auf den jeweiligen Ordner, Eigenschaften und auf "Index wiederherstellen" klicken, evtl neu starten.
Gruß