Hallo und willkommen im Forum!
Die Mails werden ja durch das "Löschen" alleine nicht aus der Datenbank entfernt, sondern nur unsichtbar gemacht.
Wenn das längere Zeit passiert, nähert die sich deren Größe durch das Reorganisieren in der Datenbank der kritischen Grenze und jedes löschen dauert immer länger.
Wie groß sind die Ordner, in denen Mails gelöscht werden?
Überprüfe die Größe der betr. Ordner auf dem Datenträger:
Rechtsklick auf den Ordner, dann > Eigenschaften > Allgemein > "Größe auf Datenträger"
Dort kann man ablesen, wie groß der Ordner ist mit wie vielen Mails. Die Anzahl der Mails ist aber in diesem Fall uninteressant.
Es ist in Thunderbird nicht möglich auch nur annähernd die Ordnergröße abzuschätzen (etwa anhand der Größe und Anzahl der vorhanden Mails).
Oder man lässt sich dauerhaft die Informationen über Ordnergröße, Anzahl aller und die aller ungelesenen Mails anzeigen, indem man unter Ansicht > Fensterlayout > Ordnerspalte diese aktiviert. Dann kann man in der Ordnerspalte durch Klicken auf das unscheinbare Symbol rechts die gewünschten Spalten auswählen.
Gruß