Das mit den Ordnern kann bei IMAP passieren, wenn Thunderbird und die Server nicht richtig zusammenspielen.
Oft hilft es, wenn man unter Extras > Konteneinstellungen > "Kopien & Ordner" dort auf "Anderer Ordner" geht und auf einen IMAP Ordner verweist, das kann durchaus der gleiche sein wie der in der Normalstellung.
Neuinstallationen helfen bei Thunderbird nur sehr selten, weil sich die meisten Probleme im Profil befinden und nicht im Programmordner.
Gruß