Zitatdass selbst wenn ein Unterordner diese Größe überschreiten würde, Thunderbird mir die sämtliche Unterordner und .msf Files rauslöscht?
Stimmt, davon habe zumindest ich noch nie gehört.
Ich würde Folgendes machen:
In Thunderbird das sog. "Bereithalten von Nachrichten" abstellen (> Extras > Konteneinstellungen > Synchronisation & Speicherplatz), Thunderbird beenden(!) und im Thunderbird-Profil im Ordner ImapMail dort den betr. "Kontenordner" (Servername des Kontos) sichern und löschen.
Dann das Verhalten weiter beobachten.
Ich würde davon abraten, ausgerechnet im Posteingang auch noch Unterordner anzulegen.
Gruß