Hallo und willkommen im Forum!
Beide PDF wurden von dir selbst erstellt?
Passiert das gelegentlich oder immer?
Testweise im Thunderbird-Profil die Datei mimetypes.rdf deaktivieren (=umbenennen). Thunderbird vorher beenden und nach dem Neustart das Verhalten testen.
Den content-type einer Datei übernimmt Thunderbird eigentlich vom Betriebssystem (in Windows zumindest). Da ich aber die Struktur von Linux nicht genau genug kenne, kann ich nicht viel dazu sagen.
Gruß