Zitatginge dann nicht meine ganze Struktur der Unterordner von Local Folders verloren?
Probiere es doch einfach aus. Falles dir es nicht gefällt, entferne die Dateien dort wieder.
Außerdem wäre das ja nur ein temporäres Problem, und könntest deine Ordnerstruktur in Thunderbird schnell wieder herstellen, indem du dort die neu hinzugekommen Ordner (nach Verschieben in den eigentlichen Zielordner) entsorgst.
Gruß