zusätzlich: Rechtsklick auf einen Ordner, Eigenschaften, Allgemein, Reparieren.
Bevor du komprimierst, installiere das Add-on RecoverDeletedMessages und rekonstruiere damit die nicht mehr angezeigten Mails.
Tragen die nicht mehr sichtbaren Mails nämlich den X-Mozilla-Status von 0008 und darüber, würden diese beim Komprimieren gelöscht.
Gruß