Da kann ich leider nur raten, mein erster Tipp:
Du hast deinen Virenscanner falsch konfiguriert.
Das kann ich mit Sicherheit ausschließen, da ich anhand der ersten "zerstörten" Email den Zeitpunkt ziemlich genau einkreise kann und zu dieser Zeit war mein Virenscanner definitiv nicht aktiv.
Aber wie heißt es doch so schön: "Lernen durch Schmerzen" ... .
Wie oft sollen wir noch schreiben, dass der Ordner "Posteingang" die sensibelste Stelle in jedem (!) Mailprogramm ist.
Tja aus Schaden wird man klug 
! Zu meinem Glück sind es zu 90% nur unwichtige Emails die sich so im Laufe von 3 Jahren angesammelt haben, der Rest wird schon mit Filter hübsch verschoben. Mein erstes Problem in 3 Jahren, spricht wohl für die Qualität von Thunderbird.
So da es jetzt geklärt ist, dass es wahrscheinlich ein Bedienungsfehler meiner Seite ist, wie bekomme ich die ganzen Emails gelöscht? Thunderbird stützt ab wenn ich diese Emails löschen möchte!?
Vielen Danke bei allen für die Hilfe!