Hallo Aconcagua,
seit dem Update auf Version 2.0.0.6 (von 1.5) hatte ich dasselbe Problem und war hier auf der Suche nach Antworten.
Dabei habe ich noch mal genau meine "Antwort"-Mails mit zitiertem Text angeguckt, und dabei fiel mir auf, dass nur der reine Text fehlt, hingegen Emoticons, Hyperlinks und E-Mail-Adressen an der passenden Stelle erscheinen. Das brachte mich auf die Idee, in den Einstellungen ("Ansicht" - "Formatierung" - "Reintext-Nachrichten") mal nachzusehen, welche Farbe eigentlich für den Text zitierter Nachrichten eingestellt ist. Und siehe da, nach dem Update hatte sich Thunderbird den Gag erlaubt, die Farbe auf weiß einzustellen. 
Sofern sich das Problem bei Dir genauso darstellt (kann ich aus Deinem Post nicht entnehmen), solltest Du das bei Dir mal überprüfen und die Farbe ggf. auf schwarz umstellen. Dann sollte alles wieder beim Alten sein.
Viele Grüße
Fabian