Also, ich hatte (bzw. habe) das selbe Problem (TB 2.0.0.14). Ich habe dann im Junk-Ordner alle dorthin verschobenen Mails extra noch einmal als Junk gekennzeichnet und dann für diesen Ordner die Funktion Extras - Junk-Filter auf diesen Ordner anwenden durchgeführt. Seitdem funktioniert wenigstens das manuelle Verschieben aller Junk-Mails in den Junk-Ordner wieder. Immerhin.
LG,
chesscourt