Hallo Maik und herzlich Willkommen im Thunderbird-Forum!
Ich selbst habe gestern meinen portablen Vogel von 2.0.0.16 auf 2.0.0.19 geupdatet. Der einzige Ordner der dabei relevant war, war der Ordner "\PortableApps\ThunderbirdPortable\Data".
Den also vorher vorsichtshalber sichern, dann das Update einspielen und normalerweise sollte alles funktionieren, abgesehe von Add Ons, die nicht kompatibel sind. Falls es nicht klappt, den kompletten TB vom Stick (oder was auch immer löschen) und nach der Neuinstallation der alten Version den gesicherten Data-Ordner wieder zurückkopieren.
Gruss Chris