Hallo em00n,
willkommen im Thunderbird-Forum.
Schaue Dir mal die Thunderbird-Erweiterungen Copy Folder und Batch Copy an. Damit kannst Du ganze Ordnerbäume kopieren.
Du könntest das alternativ aber auch über die Filter-Funktion lösen. Lies dazu in den Forum-Anleitungen hier.
Gruß
Feuerdrache