Das auf AddOn-Ebene auszulagern halte ich für alles andere als unproblematisch. Eine Kernfunktion jedes Mailclient ist das Speicherformat für Mails.
Mal unabhängig davon, welches Format man nun für das bessere hält, sollte jedes angebotene Format doch dann in den Händen der "hauptamtlichen" Thunderbird-Programmierer liegen. Insbesondere der Sicherheit der Anwender/Programmnutzer wegen.
Wäre es dann nicht in der Tat besser, dieses "unechte Maildir" erst einmal wieder herauszunehmen, das in der Mozilla-Gemeinschaft ohne Zeitdruck konsequent zu diskutieren und dann erst eine Entscheidung für ein richtiges Maildir-Format neben dem MBox-Format zu treffen.
Gruß
Feuerdrache