So ich hab es doch hinbekommen.
Habe die alten Daten in den neuen Ordner geschoben. Dann die popstate Datei gelöscht. Somit weiss Thunderbird nicht mehr was neue und nicht neue Mails sind. Und dann hat er die Mails die auf dem Server waren erneut runtergeladen!
Geile Sache .. das macht micht glücklich