Die Größe jedes Ordners darf bei Thunderbird maximal 4 Gigabyte betragen. Hat ein Ordner erstmal die magische Grenze erreicht bzw. überschritten, wird die Datei von Thunderbird gesperrt. Deswegen bringt es auch nichts, den Posteingang zu bereinigen.
Einfach die Datei Inbox in C:/Users/%USERNAME%/AppData/Roaming/Thunderbird/Profiles/kgpfkiqv.default/Mail/Local Folders/ umbenennen - meinentwegen zu "Sicherung Inbox" und Thunderbird (erneut) starten. Die Datei wird erneut angelegt und (sofern automatischer Abruf aktiviert ist) die neuen E-Mails werden (bei POP3) heruntergeladen bzw. local gecached (bei IMAP).
Gruß
ikkerus