Habe das gleiche Problem. Auch Windows 7, Thunderbird 3.0.5, auf einem Asus Eee PC. Allerdings schlägt bei mir auch oft das Kopieren der gesendeten Nachricht in den Sent-Mail-Folder fehl. Beide Probleme scheinen ziemlich synchron aufzutreten. Thunderbird läuft damit 50/50 mal fehlerfrei und super angenehm, und dann mal wieder unbrauchbar (für Geschäft, wenn z.B. sent-mails nicht gespeichert werden können).
Woher der Fehler kommen kann? Ich denke, das muss mit Windows 7 zusammenhängen. Ob es ein Netzwerk-seitiges Problem ist oder ein File-Problem, ist schwer abzuschätzen. Im Offline-Modus funktioniert alles immer einwandfrei. Daher nehme ich an, das Netzwerk spielt mit in das Problem.