Sonst forsche ich mal in Einstellungen rum.
Nur das kann deine Frage beantworten.
Das Konto deiner Frau ist offenbar sowohl auf dem Smartphone als auch im Thunderbird als IMAP-Konto eingerichtet. Dabei schaut der Client nach dem Stand auf dem Server des Mailpostfach-Anbieters nach und bildet dessen Stand lokal ab. Aktionen wie eben dieses Löschen kannst du als eine Art Aufforderung an den Server zum Durchführen dieser Aktion betrachten: der Server erledigt dies, lokal (auf dem Smartphone) wird das dann entsprechend angezeigt.
Und der Thunderbird schaut beim Starten auf dem Server nach - und weil die Mail dort nicht mehr vorhanden ist, wird die lokale Anzeige entsprechend aktualisiert.
Stell dir IMAP wie eine Art Serverfernbedienung vor.
Siehe auch E-Mails von mehreren Computern aus verwalten (IMAP statt POP)
Für dein Konto ist entweder eines der Geräte nicht als IMAP-CLient eingerichtet oder es wurde n der Ordnerverwaltung "geschraubt".