Hallo,
wenn es zwei getrennte Konten sind, kannst du sie jederzeit und unabhängig voneinander abholen, indem du jedes der Konten separat im Thunderbird einrichtest, ggf. sogar in verschiedenen Profilen usw.
SInd es dagegen nur zwei verschiedene Adresse, die für dasselbe Postfach angelegt wurden (sog. Alias, GMX erlaubt aktuell wohl sogar ca. 20 Stück, davon 2 Stück mit GMX-Domain), dann kannst du sie nicht getrennt abrufen. In diesem Fall kannst du sie (alle auf einmal) nur abrufen und dann per Filter in verschiedene Ordner sortieren.
MfG
Drachen