Vielleicht leigt es auch daran, dass die Dateien keine Endung haben??
Standardmäßig legt Thunderbird die E-Mails in Dateien mit dem sog. mbox-Format ab, und zwar je eine Datei pro TB-Ordner, wie du bereits bemerkt hast. Diese mbox-Dateien haben keine Endung, das wäre also kein Fehler.
Bezüglich Virenscanner:
- Deaktivieren bringt nix, erst testweise (!) komplett deinstallieren und dann neu testen zeigt, ob es auch diesmal am Dritthersteller-Tool liegt oder nicht.
- Wenn dein Bitdefender auch Webseiten scannen kann, wäre dies durchaus so ein von mir erfragter konkreter Mehrwert dieses Produkts gegenüber dem "onboard"-Virenscanner, der seit Win10 sogar echt was taugt und bei so ziemlich allen Tests gleichauf liegt, aber weniger Nebenwirkungen als die Drittherstellerprodukte verursacht.
- "... fünf Jahre keine Probleme damit ..." o.ä. ist wirklich, wirklich, wirklich kein Argument, an solchen Sachen festzuhalten. Aber mit dem Webseitenscan hast du ein Argument, dmit sollte es dir leichter fallen, auf Pseudo-Argumente zu vertichten
Wenn deine mbox-Dateien Mails enthalten, die du im "Quelltext" der Datei sehen kannst, aber im Thunderbird nicht angezeigt werden, dann sind das vermutlich gelöschte Mails. (und der unleserliche Zeichensalat in der Datei können z.B. im Binärformat enthaltene Mailanhänge wie Bilder sein)
Diese gelöschten Mails werden normalerweise erstmal in der Datei belassen und lediglich als gelöscht markiert - erst wenn der Ordner im TB "komprimiert" wird, wird die jeweilige Datei neu geschrieben und dabei die als gelöscht markierten Mails auch physisch entfernt.
Du kannst die Markierung manuell ändern, such dazu mal im Forum nach Mozilla-Status oder so ähnlich; dazu müssten sich noch einige Threads mit ausführlichen Beschriebungen und Anleitungen finden lassen.