Ich hab die Lösung!!!
chkdsk war mein Freund.
Bei einem weiteren Neustart hatte er sich auf einmal gemeldet, bisschen was repariert bzw irgendwelche Indizes gelöscht, und schon ruft Thunderbird meine Mails wieder ab.
Vielen Dank an alle, die sich Gedanken gemacht haben, und an Dich für die Anrwort!