Hallo,
wir hatten das Problem hier auch (Thunderbird-Version 3.1.4 und 3.1.6; IMAP gegen Communigate PRO; Windows XP). Die Lösung fand sich letztlich in
https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=529210
in Gestalt der Änderung zweier config-Einträge:
set browser.cache.disk.enable to false
set browser.cache.memory.enable to false
Grüße, MiSt