Zitat von "Uzof"Hatte das gleiche Problem und bei mir half folgendes (siehe auch https://www.thunderbird-mail.de/forum/viewtopic.php?f=30&t=54934
Extras -> Einstellungen -> Erweitert -> Allgemein -> Konfiguration bearbeiten
dann gibst du bei FIlter einmal "mail.server.server" ein und findest unter "mail.server.server##.name" raus welche Server-Nr (##) deinem Konto entspricht, das du ändern möchtest.
Für die entsprechende Server-## setzt du folgende strings zurück (rechtsklick darauf -> zurücksetzen):mail.server.server##.spamActionTargetAccount
mail.server.server##.spamActionTargetFolderdanach Thunderbird schließen und neu starten; und dann sollt' sich der Junk FIlter wieder einstellen lassen.
Hallo und Gruß an "Uzof"!
Das von dir beschriebene Vorgehen hat das Problem bei meinem Thunderbird schnell und präzise behoben. (Einstellungen für Junk-Filter ließen sich im globalen Ordner nicht speichern und Junk-Filter sortierte Spam nicht in vorgesehenen Ordner. Bei separaten Posteingängen funktionierte alles.)
Jetzt bleiben die "Junk" Einstellungen erhalten und der Filter arbeitet bestens.
Vielen Dank für die- auch für PC-Laien - verständliche Reparaturanleitung 
altewu
