Hatte das gleiche Problem und bei mir half folgendes (siehe auch https://www.thunderbird-mail.de/forum/viewtopic.php?f=30&t=54934
Extras -> Einstellungen -> Erweitert -> Allgemein -> Konfiguration bearbeiten
dann gibst du bei FIlter einmal "mail.server.server" ein und findest unter "mail.server.server##.name" raus welche Server-Nr (##) deinem Konto entspricht, das du ändern möchtest.
Für die entsprechende Server-## setzt du folgende strings zurück (rechtsklick darauf -> zurücksetzen):
mail.server.server##.spamActionTargetAccount
mail.server.server##.spamActionTargetFolder
danach Thunderbird schließen und neu starten; und dann sollt' sich der Junk FIlter wieder einstellen lassen.