Hallo,
ich habe heute das gleiche Problem (Thunderbird 6.0.2 öffnet 2 Fenster) gehabt und hier die Lösung gefunden:
Überschüssige Fenster kann man einfacher über "Datei -> Schließen" oder mit der Tastenkombination "Strg + W" los werden.
hat wunderbar funktioniert :D. Denn nachdem das zweite Fenster geschlossen war und Thunderbird neu gestartet worden ist, öffnete sich das 2te Fenster nicht mehr.
Das Problem des TE war es aber doch, dass beim Beenden eines Fensters auch das andere beendet wurde.
Das eigentliche Problem ist, dass TB beim Start nur ein einziges Fenster öffnen darf, denn das ist das Normalverhalten. Alles andere ist ein Funktionsfehler, den es gilt auszuschalten.
Jedes Mal über das Dateimenü oder einer Tastenkombination ein Fenster zu beenden, wäre für mich ein Grund, ein anderes Programm zu suchen.
Richtig es war ein Fehlverhalten, welches sich aber durch die Maßnahme beheben ließ. "Datei schließen" und "Datei beenden" sind halt doch unterschiedliche Funktionen in Thunderbird.
Ich für meinen Teil möchte nicht bei jedem Problem mit einem Programm gleich ein anderes Programm suchen 
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Besten Gruß