Bei mir ist es genauso
Thunderbird-Version: 9.0.1 (release Update-Kanal)
Betriebssystem + Version: Windows 7
Kontenart (POP / IMAP): POP 
Postfachanbieter (z.B. GMX): Gmx
Auch wenn man im SaveMode startet sind die Ordner nicht da.
Ich dachte erst dass meine Inbox zu groß ist 1GB und habe über die Suchfunktion große Mails gelöscht und komprimiert hat aber nichts gebracht.
Komisch ist dass man verschiedene Funktionen wie Extra/ Add on zwar anklicken kann, dann passiert aber nichts...