Ich habe über Thunderbird dasselbe Problem gehabt.
Auch wurden Mails, die als Wichtig angezeigt werden, bei mir unter Ubuntu noch mit einer gesonderten Benachrichtigung für das Indicator-Messaging-Applet ausgestattet, was mir dann ein paar unnötige Klicks beschert hatte.
Eine einfache Möglichkeit ist, die Ordner einfach in IMAP auszublenden. Ich habe hierfür ein kurzes Tutorial geschrieben:
crunchweb.de - Google-Mail-Ordner “Wichtig” und “Markiert” in IMAP deaktivieren/ausblenden
