Meine Meinung: Du hast in deinem Profil ein paar Sachen verbockt, nicht schlimm. Alles ein bisschen mühsam, das geradezubiegen.
Da du eh erst kurz dabei bist, könnte es die sauberste Lösung sein, dir ein neues Profil anzulegen und damit von vorn anzufangen.
Den Lokalen Ordner braucht man für alle Mails die lokal auf deiner Festplatte liegen. Du kannst entscheiden, ob er für mehrere Konten genutzt werden soll oder ob du Konten separat verwaltest:
https://www.thunderbird-mail.de/wiki/Globaler_Posteingang
Übrigens: Von Thunderbird automatisch angelegte Ordner darfst du nicht löschen oder umbenennen.