Das kommt auf den Ordner an.
Beispiel:
Ich lege einen Filter an für ein bestimmtes E-Mail-Konto in Thunderbird, wähle unbedingt "Manuelles Ausführen", dazu "keine Bedingungen". Aktion ist "Lösche Nachricht".
Wird ein Ordner angezeigt und drücke ich auf den Filter-Button, werden in diesem Ordner alle Mails dieses Kontos gelöscht (und wichtig: auch alle anderen Filter ausgeführt).
Natürlich kann man die Bedingungen noch verfeinern je nach Bedarf.
Den Filter-Button gibt es hier: Filter Button Thunderbird (bin etwas irritiert wegen der Kommentare, bei mir klappt es, hmm.)
Alternativ aber hier:
Run Filters on Folder Button
Filters Button