So schnell kanns gehen, hab die Lösung selber gefunden:
Ich hatte 2 prefs.js Dateien:
Einmal mit Datum von heute,
einmal Datum 03.01.2013 (letztes Startdatum des Programms)
Die heutige Datei gelöscht,
die Datei vom 03.01.2013 umbenannt in prefs.js (vorher prefs (notebook)),
Thunderbird portable gestartet.
Alles fluppt wie gehabt
Danke!