Hallo Jodi,
in meinen Augen macht das Bereithalten der Nachrichten auf dem Computer bei Verwendung von IMAP überhaupt keinen Sinn. Die Idee von IMAP ist ja gerade, dass die E-Mails auf dem Server gespeichert werden, damit mehrere Clients darauf Zugriff haben können.
Ich würde dir deshalb empfehlen, auf die Synchronisation komplett zu verzichten und das Bereithalten der Nachrichten auf dem Computer zu deaktivieren ("Extras -> Konten-Einstellungen -> [Konto] -> Synchronisation & Speicherplatz -> Synchronisation -> Nachrichten dieses Kontos auf diesem Computer bereithalten").
Unabhängig davon solltest du natürlich trotzdem eine Kopie aller Nachrichten als Backup auf einem deiner Computer haben!
Viele Grüße,
tempuser