Vielen Dank für die Hinweise, es hat geholfen! 
Und der Hinweis zu Windows 10 ist auch interessant, ich bin nämlich immer noch nicht sicher, ob ich demnächst upgraden soll oder doch lieber nicht - jetzt wo ich mich an Windows 8.1 und seine Marotten (fast) gewöhnt habe.
Hallo Thunder,
danke für deine Rückmeldung!
zu 1) der Papierkorb wurde (mehrmals) geleert und auch komprimiert. Trotzdem findet Antivir dort diese Mail.
zu 2) Auf dem Rechner war nie ein anderes System als dieses Windows 8.1
Gruß,
dancingbee
Um Rückfragen vorzubeugen, bitten wir um folgende Angaben:
* Thunderbird-Version: 38.6.0
* Betriebssystem + Version: Windows 8.1
* Kontenart (POP / IMAP): POP
* Postfachanbieter (z.B. GMX): gmx, web, freenet
* Eingesetzte Antivirensoftware: Avira Free Antivirus 15.0.15.141
* Firewall (Betriebssystem-intern/Externe Software): intern
Ich habe bei einem Scan gestern 3 Virenwarnungen bekommen, die alle in Thunderbird waren. Mittlerweile konnte ich einen beseitigen, die untenstehenden 2 aber noch nicht.
Nach einigem Lesen hier im Forum hatte ich eine Komprimierung aller (Unter-)Ordner vorgenommen, trotzdem ist der Gamarue noch in "Trash" gefunden worden.
Ich hatte die Mails definitiv nie geöffnet.
Diese erste Meldung beunruhigt mich am meisten:
C:\Users\name\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\0rktk9s9.default\Mail\pop.gmx-1.net\Trash
[0] Archivtyp: Netscape/Mozilla Mailbox
--> Mailbox_[Message-ID: <242197C4CF1B3675A9ACE550F421206C@adgp>][From: "Castellazzo Gabriele" <paul.grace1@ntlworld.co][Subject: Dokumente]230.mim
[1] Archivtyp: MIME
--> scan.zip
[2] Archivtyp: ZIP
--> scan.scr
[FUND] Ist das Trojanische Pferd TR/Gamarue.A.1227
[WARNUNG] Infizierte Dateien in Archiven können nicht repariert werden
[WARNUNG] Bei dieser Datei handelt es sich um eine Mailbox. Um Ihre Emails nicht zu beeinträchtigen wird diese Datei nicht repariert oder gelöscht.
C:\Windows.old\Users\name\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles\thhtpq1t.default\Mail\pop3.gmx.de\Inbox
[0] Archivtyp: Netscape/Mozilla Mailbox
--> Mailbox_[Subject: Meine BahnCard][From: gman1655@aol.com][Message-ID: <8D21F501B475452-720-AC59B@webmail-vm046.sysops]226.mim
[1] Archivtyp: MIME
--> BAHNCARD_8985.doc
[FUND] Enthält Code des Word-Makrovirus W97M/Dridex.dcvb.8
[WARNUNG] Infizierte Dateien in Archiven können nicht repariert werden
[WARNUNG] Bei dieser Datei handelt es sich um eine Mailbox. Um Ihre Emails nicht zu beeinträchtigen wird diese Datei nicht repariert oder gelöscht.Diese letzte Mail ist definitiv in einem nicht mehr aktiven Profil, steht ja auch "window.old" davor. Kann ich diesen ganzen Ordner einfach löschen?
Ich bin absolute Laie, bitte bei den Antworten nicht zu viel Computer-Chinesisch benutzen. 
Vielen Dank schon mal!