Habe mir eben aus Jux mal ein Zertifikat von StartSSL austellen lassen. Mit denen geht es...
Habe allerdings schon Leute gefragt ob ihre Let's Encrypt Zertifikate mit Thunderbird funktionieren - das hatten sie bejaht. Ich hake da mal nach.
EDIT: Habe jetzt einen Bug-Report erstellt: https://bugzilla.mozilla.org/show_bug.cgi?id=1297636