Der TB-Ordner (mithin besagtes file) ist ja einmal in \Programme(x86) und einmal in \Roaming
Die Ordner sind ziemlich verschieden: der im Programme-Verzeichnis (Programmordner) enthält Thunderbird selbst, in Roaming gibt es einen Anwendungsordner, der wiederum dein Profil enthält. Das Profil enthält deine Daten, einschließlich manuell installierter Add-ons; darüber hinaus können Add-ons jedoch auch im Programmordner vorinstalliert werden (für das gesamte System). Der Kalender ist technisch ein Add-on; vermutlich hattest du ihn mal im Profil installiert.
Inzwischen (seit TB 45 iirc) ist das Add-on bei Thunderbird dabei (also im Programmordner), wenn es jedoch auch im Profil zu finden ist, wird die dortige Version bevorzugt. Es ist daher ausreichend, deine Änderungen im Profil vorzunehmen.
Und ja, bei jedem Update des Lightning Add-ons (in der Praxis heißt das bei jeder neuen TB-Version) muss die Änderung erneut angebracht werden, wenn man sie nicht 'sauber' z.B. als separates Add-on umsetzt.